Curtea Supremă de Justiţie a analizat recursul Ministerului de Justiţie, la decizia Curtii de Apel Chisinau, prin care era obligata sa inregistreze modificarile la Statutul CHDOM, operate de Adunarea Generala la 30 iunie 2006. Amintim ca la 20.12.2006, Curtea de Apel Chisinau a recunoscut refuzul Ministerului de Justitie de a inregistra modificarile la Statutul CHDOM ca neintemeiate si a obligat Ministerul Justitiei sa inregistreze modificarile la statutul CHDOM, in termen de 20 zile. Aceasta decizie a fost atacata cu recurs de Ministerul de Justitie sub pretextul ca actele de inregistrare au fost prezentate cu depasirea termenului de o luna de la data Adunarii Generale si ca CHDOM nu utilizeza in denumirea sa forma de organizare: se cere "Asociatia obsteasca Comitetul Helsinki pentru Drepturile Omului din Republica Moldova", iar Comitetul de-facto foloseste doar "Comitetul Helsinki pentru Drepturile Omului din Moldova".

La rândul său CHDOM a atacat şi el cu recurs Decizia Curţii de Apel Chişinău, sub pretext că instanţa nu s-a expus asupra două capete de cerere, şi anume:

1. CHDOM solicită ca instanţa de judecată să oblige Ministerul de Justiţie să-şi aducă în concordanta cu legislatia si alte acte normative modul de receptionare, procesare si solutionare a cererilor si petitiilor persoanelor fizice si juridice, in scopul evitarii favorizarilor, abuzului si a coruptiei (vezi conferinta de presa din 25 ianuarie 2006, de facut linc);

2. Se solicită încasarea de la Ministerul Justiţei în folosul CHDOM a prejudiciului moral şi material în mărime de 50 mii lei.

Astfel, la 4 aprilie 2007, Curtea Supremă de Justiţie a respins ambele recursuri, cu menţinerea deciziei Curţii de Apel Chişinău din 20.12.2006. În orice caz, decizia Curţii Supreme de Justiţie, din 4 aprilie 2007, obligă Ministerul Justiţiei să înregistreze modificările la Statutul CHDOM, operate de Adunarea Generală a CHDOM la 30 iunie 2006.

CHDOM consideră acţiunile Ministerului de Justiţie ca fiind orientate spre subminarea activităţii CHDOM (care era una din cele mai eficiente ONG din Moldova) şi oferirea de posibiltăţi unor persoane şi organizaţii partizane să defăimeze CHDOM. La acest moment putem nominaliza cu certitudine Centru de Resurse pentru ONG pentru Drepturile Omului "CReDO" şi Serghei Ostaf personal, ulterior vor fi nominalizate şi altele.

La data de 20 august 2007, după o discuţie telefonică cu responsabilul Ministerului Justiţiei, care a afirmat că nici într-un caz nu va fi înregistrat Statutul CHDOM, cerând documente suplimentare care nici nu sunt prevăzute de legislaţie, la 24 august 2007 a fost trimisă o cerere la CEDO, iar la 13 septembrie 2007, Ministerul Justiţiei de urgenţă ne-a solicitat să venim să primim statutul cu reînregistrarea. Comitetul consideră că Ministerul Justiţiei a fost informat de către CEDO despre plângerea depusă şi apreciind că va pierde acest caz, s-au grăbit să procedeze în conformitate cu legislaţia. Curios este că înregistrarea statutului, sau decizia privind înregistrarea statutului ar fi fost luată înainte de discuţia avută cu reprezentantul Ministerului. Dacă asta ar fi adevărat, Ministerul trebuia să ne comunice în decurs de 3 zile despre înregistrarea stautului, dar nu în mai mult de o lună.

Comitetul totuşi păstrează cauza la CEDO, considerându-se victimă, pentru că oricum înregistrarea s-a făcut cu 4 luni mai târziu de la decizia Curţii Supreme de Justiţie. Tregiversarea pe parcursul a unui an a înregistrării modificărilor la statut a provocat prejudicii pe care Comitetul le-a solicitat, iar instanţele de judecată fie că nu s-au expus în general, fie că au examinat superficial aceste solicitări. De exemplu, Curtea Supremă de Justiţie spune că însăşi câştigarea procesului de judecată corespunde cu o compensaţie a prejudiciului moral, ceea ce noi nu suntem de acord.